По данным областного департамента природных ресурсов и охраны окружающей среды, доля неочищенных сточных вод, подлежащих очистке на территории Томской области, составляет 11%. В целом доля неочищенных сточных вод по Сибирскому федеральному округу составляет 82%, а по Российской Федерации — 89,8%, сообщает пресс-служба областной администрации.

Высоких результатов Томской области удалось добиться благодаря тому, что за последние 5 лет построено 5 новых очистных сооружений хозяйственно-бытовых стоков: в Колпашево, Белом Яру, Каргаске, Молчаново, Кожевниково, Корнилово Томского района, поселке Самуськи (ЗАТО Северск). В 2010 году в Томске построены первые в области очистные сооружения ливневых сточных вод в реку Ушайку. Сброс неочищенных сточных вод в реки области благодаря этим работам сократился на 1,3 млн. куб.м.

Кроме того, новые производственные мощности в области вводятся только с условием введения в эксплуатацию в опережающем порядке очистных сооружений с использованием передовых технологий. Примером этого могут служить такие предприятия, как ОАО "Томскгазпром", ОАО "Центрсибнефтепровод", ЗАО "Томская нефть", ООО "Норд Империал", ОАО "Томскнефть", НПО "Вирион", ООО "Томскнефтепереработка". Общая мощность новых очистных сооружений составила 1,4 млн куб. м.

С 2007 года ведется работа по восстановлению природного состояния реки Ушайки и пяти озер Томска. Одновременно рассчитаны и установлены водоохранные зоны рек протяженностью 415 км. На эти цели привлечены средства федерального бюджета в объеме 67,9 млн. рублей.

Среди основных задач работы по охране водных объектов в 2011-2016 годы в департаменте природных ресурсов и охраны окружающей среды называют, например, ликвидацию сброса сточных вод без очистки в Ушайку на территории Томского района и Томска в полном объеме. Также планируется обеспечить содержание территории водоохранной зоны реки шириной не менее 500 м в соответствии с санитарными требованиями; осуществить расчистку оз. Сенная Курья и обеспечить качество воды, соответствующее санитарным требованиям для купания жителей. Будет вестись работа по созданию рекреационной зоны в Томске в районе озер Университетское и Мавлюкеевское и в Асино на озере Киргисак.